Geneza powstania zespołu kościelno-klasztornego Ojców Bernardynów Prowincji Niepokalanego Poczęcia Najświętszej Maryi Panny na terenie Archidiecezji Częstochowskiej sięga końca lat osiemdziesiątych XX wieku. W 1988 roku o. Prowincjał Andrzej Pabin przedstawił księdzu Arcybiskupowi Stanisławowi Nowakowi, metropolicie częstochowskiemu, propozycję osiedlenia się Bernardynów w Częstochowie. Ks. Arcybiskup w tym roku przebywał w Kalwarii Zebrzydowskiej na okoliczność poświęcenia odnowionej kaplicy dróżkowej „ Wieczernik”. Inicjatywa o. Prowincjała spotkała się z życzliwością ks. Arcybiskupa.  Do idei założenia klasztoru w Częstochowie powrócono w 1990 roku dzięki pomocy pracownika Kurii Biskupiej – ks. Prałata  Bronisława Predera, który zaproponował możliwość lokacji kościoła w Częstochowie – na Zawodziu. Po uzgodnieniu z ks. Arcybiskupem Stanisławem Nowakiem miejsca i zadań duszpasterskich, Prowincja Ojców Bernardynów przystąpiła do realizacji planu osiedlenia się w Częstochowie.

W dniu 18 grudnia 1991 roku przybył do Częstochowy o. Czesław Kazimierz Stec, któremu powierzono sprawy kupna działki i załatwienia zezwolenia na budowę.
Dnia 7 lutego 1992 roku w urzędzie notarialnym w Myszkowie mgr Ewa Gielniewska sporządziła akt notarialny dotyczący sprzedaży działki i na tej podstawie założono Księgę wieczystą. Opracowania planu budowy kościoła i klasztoru podjęła się mgr Arch. Beata Król-Stroba z Częstochowy.
W pierwszym półroczu tego roku wykonano ogrodzenie działki i przygotowano teren pod budowę tymczasowego klasztoru. W okresie wakacyjnym prace ukończono i w nowym budynku zamieszkało trzech zakonników.
Jeszcze w październiku, za aprobatą o. Prowincjała Andrzeja Pabina, rozpoczęto prace ziemne pod przyszłą świątynię.
Do połowy 1993 roku podpiwniczenie kościoła było już w stanie surowym.

Po kapitule prowincjalnej, w dniu 2 lipca 1993 reku o. Prowincjał Czesław Gniecki – erygował dom zakonny w Częstochowie.
Od 7 lipca 1993 roku kierownictwo nad budową przejął nowy gwardian o. Bronisław Frączek. Uzgodniono, iż istniejący projekt kościoła zostanie zmieniony na boczną kaplicę. W związku z tym należało uzupełnić plan projektem nowej bryły kościoła. Postanowiono, aby zaadaptować podpiwniczenie tymczasowe użytkowanie dla wiernych. Dlatego okres drugiego półrocza wypełniły prace zadaszenia oraz prace elektryczne i malarskie wewnątrz „kaplicy”.

W niedzielę, w dniu 2 stycznia 1994 roku ks. Abp Stanisław Nowak poświęcił tymczasową kaplicę, nadając jej tytuł Matki Boskiej Anielskiej. W uroczystości wzięli udział liczni kapłani z dekanatu i spoza dekanatu, Prowincjał z zakonnikami z innych klasztorów oraz liczna rzesza wiernych.  Tak „rozpoczęła się święta historia zbawienia na Zawodziu w Częstochowie” – słowa ks. Abpa Ordynariusza z homilii mszalnej w dniu poświęcenia kaplicy.
Nazajutrz, w dniu 3 stycznia 1994 roku, w uroczystość Najświętszego Imienia Jezus, o. Bogusław Piotrowski, nowo-mianowany proboszcz, odebrał dekret erygujący parafię w Częstochowie na Zawodziu. Wikariuszem został o. Bronisław Frączek. Uroczystości ogłoszenia parafii i wprowadzenia pierwszego proboszcza przewodniczył ks. Dziekan Stanisław Gębka.
Obecny był także wicedziekan ks. Zenon Pilśniak i o. Prowincjał Czesław Gniecki.

Z dniem erygowania parafii bernardyni rozpoczęli systematyczną działalność duszpasterską. W dniach 27-30 marca 1994 roku przeprowadzono pierwsze rekolekcje wielkopostne.
W dniu 2 czerwca tegoż roku odbyła się pierwsza procesja eucharystyczna z racji uroczystości Bożego Ciała, która przeszła ulicami dzielnicy Zawodzia. Ważnym wydarzeniem pastoralnym było założenie w dniu 1 lutego 1994 roku trzech Kół Różańcowych oraz zorganizowanie grupy Liturgicznej Służby Ołtarza, którą utworzył o. Erazm Matys, moderator LSO.
Ponadto, zakonnicy aktywnie wspierali parafie dekanatu i poza dekanatem w spowiedzi w okresie Wielkiego Postu, przed I-wszą Komunią św. czy bierzmowaniem. Głosili rekolekcje na terenie miasta Częstochowa oraz uczestniczyli w odpustach parafialnych.
Po raz pierwszy nasza parafia została włączona w duszpasterstwo ogólne archidiecezji w dniu 2 sierpnia 1994 roku przez celebrację „Doby Eucharystycznej”, połączonej z odpustem ku czci Matki Boskiej Anielskiej.
Pierwsze Misie parafialne odbyły się w dniach od 25 listopada do 3 grudnia 1995 roku, a przeprowadzone zostały przez o. Włodzimierza Szklarskiego i o. Kazimierza Kowalskiego; obydwaj misjonarze z Warszawy.

Niewątpliwie ważnym wydarzeniem w życiu parafii była zmiana na urzędzie proboszcza. Kapituła prowincjalna w dniu 21 lipca 1996 roku powierzyła o. Bogusławowi Piotrowskiemu stanowisko gwardiana w Radecznicy, natomiast do Częstochowy skierowała o. mgr Ryszarda Rusinka na proboszcza parafii. Uroczystego wprowadzenia na urząd proboszcza dokonał ks. Dziekan Leonard Gałkowski w uroczystość odpustową ku czci Matki Boskiej Anielskiej, w dniu 2 sierpnia 1996 roku.

Równolegle z tymi niewątpliwie ważnymi chwilami z życia parafii – posuwały się znacząco naprzód prace związane z budową kościoła. W trakcie ich trwania, ks. Abp Metropolita Częstochowski Stanisław Nowak dekretem z dnia 17 września 1997 roku zmienił nazwę parafii na św. Jana z Dukli, kapłana. Pragnął w ten sposób upamiętnić kanonizację św. Jana z Dukli, której dokonał dnia 10 czerwca 1997 roku w Krośnie Ojciec Święty Jan Paweł II, a także chciał ukazać Częstochowie w św. Janie z Dukli przykład wielkiej pobożności maryjnej i gorliwego wpatrywania się w życie Matki Jezusa.

Dnia 25 czerwca 1999 roku proboszczem mianowany zostaje o. Stanisław Szkarłat, w pracy duszpasterskiej kapłan bardzo gorliwy, niezwykle lubiany przez wiernych.
W kwestii budowy kościoła, dopiero w dniu 3 sierpnia 1999 roku udaje się podpisać umowę z nową firmą budowlaną z Radomska, ponieważ firma „Mostostal” z Krakowa niespodziewanie zrezygnowała z podjęcia się prac
przy kościele. Całość budowy kościoła finansował Zarząd Prowincji, w tym poważny udział mieli katecheci zakonni, którzy swoje pensje w całości przeznaczali na budowę w Częstochowie.
Prace ziemne ruszyły już we wrześniu 1999 roku przy dużym wysiłku organizacyjnym gwardiana o. Szczepana Dolańskiego. Do końca grudnia ukończono prace przy wzniesieniu fundamentów. Przez całą zimę trwały roboty zbrojeniowe.

Wiosną 2000 roku przystąpiono do wykonania schodów betonowych prowadzących do świątyni. W maju wykonano prace w części obecnej zakrystii oraz rozpoczęto przygotowanie wieńca pod konstrukcję żelbetonową.
W dniu 16 czerwca 2000 roku odbyło się poświęcenie i otwarcie nowego klasztoru. Dokonał tego o. Prowincjał Romuald Kośla przy udziale miejscowej wspólnoty oraz 30 współbraci z innych bernardyńskich klasztorów.
W tym miejscu należy podkreślić, że od 1996 roku środki pieniężne na budowę klasztoru wypracowywali ojcowie z Częstochowy podejmując wytężoną pracę rekolekcyjno-misyjną. Za to dzieło i ogromny wysiłek należy się szczególne uznanie dla wszystkich ojców gwardianów, którzy znakomicie kierowali przebiegiem budowy klasztoru oraz wszystkim kapłanom tu pracującym.
Dalsze znaczące prace przy budowie kościoła wznowiono w kwietniu 2002 roku. Ekipa ze Słowacji przystąpiła do montażu konstrukcji żelaznej. Po dwóch miesiącach montaż zakończono, a szczyt został zwieńczony pięciometrowym krzyżem. Przed budowlańcami rozpoczął się teraz długi okres prac przy wznoszeniu murów.

Dzień 1 kwietnia 2003 zapisał się w historii parafii, jako dzień smutku i  wielkiej żałoby. o. Stanisław Szkarłat, proboszcz niezwykle ceniony przez parafian, prowadząc Rekolekcje w swojej rodzinnej parafii – nagle umiera na zawał serca, mając 56 lat.

Ster parafii przejmuje wówczas o. Jakub Chmielewski, który zostaje mianowany na ten urząd dekretem ks. Abpa Ordynariusza z dnia 30 kwietnia 2003 roku.
W pracach budowlanych w lipcu i sierpniu 2003 roku udało się wymurować ściany kaplicy poświęconej Matce Bożej Kalwaryjskiej. Wykonano w niej instalację elektryczną.  Z kolei we wrześniu i październiku wybudowano mury kościelne. Do końca tego roku zdołano pokryć blachą dach kaplicy, namalować obraz Matki Boskiej Kalwaryjskiej,  wykonać ołtarz główny i boczny eucharystyczny oraz położono tynki wewnątrz.

W 2004 roku wznowiono prace w kaplicy. Tutaj na ścianie ołtarza eucharystycznego namalowano panoramę Kalwarii, oraz otynkowano mury kaplicy, podobnie również mury kościoła. Od sierpnia trwały prace blacharskie na więźbie kościoła.
Zwieńczeniem tych wszystkich wysiłków było wmurowanie kamienia węgielnego, którego dokonał ks. Abp Stanisław Nowak w dniu 19 września 2004 roku.
Od tego czasu wysiłek finansowy na dokończenie inwestycji spoczął na miejscowej wspólnocie klasztornej i parafialnej, ponieważ do tej pory tylko strona zakonna pozyskiwała środki pieniężne, własnym sumptem realizując kolejne etapy budowy.

W dniu 1 lipca 2005 roku gwardianem i zarazem proboszczem został o. Kazimierz Kowalski, budowniczy kościoła w Warszawie – Czerniakowie. Od samego początku skoncentrował się na przystąpieniu do prac najistotniejszych, wymagających realizacji w pierwszym rzędzie. Zaczął od przeprowadzenia skomplikowanej wymiany nieszczelnych otworów w wieży kościelnej. W bardzo fachowy sposób założono cztery aluminiowe okna typu „Antisol”. Miało to znaczący wpływ na zmniejszenie cyrkulacji powietrza.
Następnym krokiem związanym z pracami wewnątrz klasztoru było wyłożenie w każdym pokoju podłóg panelowych oraz wyposażenie mieszkań zakonników w nowe meble. Zwieńczeniem prac wewnętrznych było pomalowanie wszystkich pomieszczeń, łącznie z korytarzami.W 2006 roku wszystkie wysiłki i prace w klasztorze skoncentrowano na możliwości zmniejszenia opłat za pobór energii cieplnej. W tym celu, przy bardzo dużym wysiłku finansowym, założono kolektor słoneczny i zmieniono kotły CO z oleju opałowego na „ekogroszek”. Dzięki temu od początku użytkowania nowego systemu grzewczego uzyskano znaczne oszczędności. Mając na uwadze skuteczność wymienionego systemu grzewczego, połączono do centralnego ogrzewania również kaplicę MB. Zrezygnowano całkowicie z tzw. Promienników.Bardzo pracowitym okazał się rok 2007.  Wykonano wiele znaczących prac porządkowo-modernizacyjnych wokół zespołu kościelno-klasztornego. Do kaplicy Matki Bożej Kalwaryjskiej zakupiono solidne ławki i dwa konfesjonały. Schody do kaplicy wyłożono płytami granitowymi. Założono również nowe drzwi dębowe z wewnętrznym zabezpieczeniem. Mury w partiach szczytowych świątyni bardzo dokładnie ocieplono. Zainwestowano również w obłożenie granitem schody prowadzące do klasztoru.
Wybierając materiały potrzebne do wykonania w/w prac kierowano się wielkim rozsądkiem jednocześnie brano przy tym pod uwagę fakt, iż klasztor i kościół służyć będą następnym pokoleniom. Celowość i fachowość miały przy tym również ogromne znaczenie.

W kolejnym 2008 roku niestrudzenie realizowano dalsze przedsięwzięcia remontowe i budowlane. Przeprowadzono gruntowny remont kuchni klasztornej; wymalowano ściany, odnowiono drzwi, zakupiono i wstawiono nowe meble i niezbędny sprzęt gospodarczy, m.in. zmywarkę do naczyń (wzięto pod uwagę oszczędności związane z używaniem wody).
Następnie skoncentrowano się na pierwotnym klasztorze, który przeznaczony został na Dom Pielgrzyma. Taka funkcjonalność okazała się najbardziej trafna. W związku z tym wykonano zmianę pokrycia dachowego, założono nowe rynny, a kolejno przystąpiono do gruntownego odnowienia wnętrza budynku. Zainwestowano w wymianę w każdym pokoju łóżek na tapczany, uzupełniono wyposażenie wnętrz w dodatkowe, niezbędne meble, zakupiono pościel i koce.
Również w roku 2008 zaczęto skupiać się na gromadzeniu materiałów budowlanych niezbędnych do kontynuacji prac wewnątrz świątyni.
Dnia 1 lipca 2008 roku gwardianem klasztoru został o. Ferdynand Piś, natomiast proboszczem nadal pozostał o. Kazimierz Kowalski. Do końca 2008 roku zdołano założyć nową, automatycznie otwieraną bramę wjazdową do posesji zakonnej. Położono również fragment powierzchni brukowej.

Rok 2009 był czasem oszczędzania i zbierania funduszy, które z racji tego, iż wykonano bardzo wiele prac – zostały praktycznie wykorzystane. Wiadomo, że te inwestycje zostały wykonane wyłącznie ze środków klasztornych uzyskanych z pracy rekolekcyjno-misyjnej. Dołożono więc wszelkich starań, by wyjazdowe misje i rekolekcje były prowadzone w jak najlepszy sposób. Z tej racji prowadzono intensywne przygotowania duchowe.
Nie poprzestano troszczyć się o zewnętrzny wizerunek kościoła i klasztoru. Prace porządkowe rozpoczęto od przywiezienia dużej ilości ziemi, którą wyrównano wszystkie nierówności. Posiano trawę i zasadzono krzewy i drzewka ozdobne. Kierując się motywem, iż nasze otoczenie daje wielkie świadectwo o nas, przykładnie zmodernizowano środowisko kościelne i klasztorne. Dokonano analizy wydatków i zaplanowano gruntowny remont kaplicy, co wymagało wykonania solidnego kosztorysu i planu działania.

W 2010 roku, dzięki wytężonym staraniom i przygotowaniom, ruszyły prace przy renowacji kaplicy Matki Bożej Kalwaryjskiej. Kaplica ta stanowi boczną nawę głównego kościoła. Aby umożliwić prace wylewkowe i ułożenie przewodów pod ogrzewanie całej płyty, usunięte zostały wszystkie ławki, konfesjonały, ołtarz główny, oświetlenie oraz stacje „Drogi Krzyżowej”. W tym czasie Msze święte i wszystkie Nabożeństwa sprawowano w głównym kościele. Należy stwierdzić, że w/w prace wykonano bardzo sprawnie, nie dezorganizując w najmniejszym nawet stopniu pracy duszpasterskiej. Bez zarzutu przebiegały wszystkie planowane Msze św., Nabożeństwa i inne, ważne uroczystości. Zaliczyć należy do nich m.in. rokrocznie obchodzoną Inaugurację Roku Szkolnego i Katechetycznego.
Realizując plan gospodarczy oraz chcąc wykonać prace remontowo-budowlane poprosiliśmy wiernych o pomoc. Skonkretyzowaliśmy nasze działania i wprowadziliśmy, począwszy od 17 października 2010 roku zwyczaj tzw. „tacy budowlanej”. Złożone ofiary w każdą trzecią niedzielę miesiąca będą przeznaczane na remont i utrzymanie kościoła. Jesteśmy wdzięczni naszym wiernym za ich zrozumienie i poparcie naszej prośby. Wiedzą, iż wspólnota może dokonać więcej, niż pojedyncze osoby. Swoją pracą i przykładem chcemy dać świadectwo świetności postawionych celów i zadań i tym samym zachęcić wiernych do współpracy. Każda forma wsparcia ze strony ludzi dobrej woli jest dla nas wyjątkowa i bardzo potrzebna.
Wielką radość sprawiła wszystkim Msza św. odprawiona 7 listopada 2010 roku w odnowionej kaplicy. Po 6-ciu miesiącach ciężkiej pracy, wysiłku i ofiarności wielu ludzi było podziwiać jej nowe wnętrze. Wygląd kaplicy przeszedł nasze najśmielsze oczekiwania. Od razu dało się zauważyć efektowną świeżo-położoną granitową posadzkę, dającą wyjątkowe tło nowemu wystrojowi. Wstawiono nowe, dębowe ławki, konfesjonał i klęczniki, które modlących się wprawiają w niepowtarzalny i wyjątkowy nastrój do właściwego skupienia. Pięknie prezentuje się nowy ołtarz z obrazem Pani Kalwaryjskiej umieszczonym na greckim krzyżu. Również chór z umieszczonymi organami dodał wyrazu i charakteru całej kaplicy. Niezauważalne, aczkolwiek bardzo znaczące i wyczuwalne przez obcych jest nowe ogrzewanie podłogowe. Nasi wierni, jak również wszyscy przybyli goście, mogą teraz czuć się w naszej kaplicy komfortowo, a o to właśnie nam chodziło prowadząc renowację.
Nasza Wspólnota zakonna jest prawdziwie dumna i szczęśliwa z faktu, że poprzez swoją pracę pozostawia trwałe, widoczne i jednocześnie piękne ślady, służące społeczności obecnej i następnym pokoleniom. Bardzo doceniamy ofiarność i zaangażowanie wielu ludzi dobrego serca. Wiemy, że bez ich pomocy ukończone prace w kaplicy nie były by jeszcze długo sfinalizowane. Dlatego dziękujemy Bogu za to, że postawił ich na naszej drodze. Czynimy to w naszych modlitwach i Mszach świętych za dobrodziejów sprawowanych w każdą niedzielę.
Po ukończeniu renowacji kaplicy z łatwością zauważyć można było, iż zwiększyła się frekwencja wiernych podczas wszystkich Mszy świętych.Rok 2011 przywitaliśmy pełni dobrych myśli związanych ze współpracą ze środowiskiem lokalnym. W modlitwach dziękczynno-błagalnych poleciliśmy Bogu wszystkie intencje każdego wiernego z osobna, prosiliśmy o Bożą opiekę nad każdym oraz wstawiennictwo Matki Bożej i Wszystkich Świętych.
W dniu 30 stycznia podczas uroczystej Mszy świętej przeżyliśmy uroczyste poświęcenie odnowionej kaplicy. Swoją obecnością uświetnili te chwile ks. Abp Stanisław Nowak, o. Prowincjał wraz z Definitorami, Ojcowie wcześniej pracujący w naszej Placówce oraz członkowie chóru. Nie zapomniano zaznaczyć, iż nowy obraz M.B. Kalwaryjskiej umieszczony w nowej kaplicy namalowany został przez krakowskiego artystę Mirosława Karpowicza, a ufundowany został przez Kustosza Klasztoru Kalwaryjskiego – o. Damiana Muskusa.

Poświęcenie kaplicy było czasem spotkania wielu osób, które wyraziły swoją bardzo pozytywną opinię dotyczącą wykonanych prac. Liczne, cenne refleksje sprawiły, że zaczęto się wspólnie zastanawiać jak można jeszcze „upiększyć” to miejsce. Pomysłów było wiele, ale każdy z nich zrealizować można jedynie przy użyciu środków finansowych. Wierzymy, że dzięki pomocy naszych wiernych przyczynimy się do jeszcze większego uświetnienia kościoła, wytworzenia klimatu, w którym wszyscy z wielką chęcią będą oddawać cześć Bogu.

Rok 2011 obfitował w wiele wydarzeń, które zostawiły duchowe i głębokie ślady zarówno w pamięci duchowieństwa jak również w pamięci naszych wiernych. Do takich na pewno zaliczyć należy parafialne Misje Święte, prowadzone przez o. Cherubina Żyłkę i o. Kapistrana Marcala. Efekty ich pracy duchowej dawały się odczuć bezpośrednio podczas prowadzonych nauk misyjnych, a także po ich zakończeniu. Dziękujemy Ojcom za każdy „dobry owoc” ich misyjnego dzieła.
W tym roku miały miejsce zmiany personalne. Decyzją władz zakonnych dotychczasowy proboszcz o. Kazimierz Kowalski przeniesiony został do Krakowa na urząd Wikariusza Prowincji, a nowo-mianowanym proboszczem został u nas dotychczasowy gwardian z Tarnowa – o. Jan Szpila.
Ważnym wydarzeniem dla Parafii było nawiedzenie Relikwii Krzyża św., które wypadło 8 lipca, w dzień odpustu św. Jana z Dukli. Przeżycia duchowe w czasie Peregrynacji podgrzewał o. Bogusław Piotrowski, a główną Mszę św. wraz ze Słowem Bożym celebrował Pasterz Archidiecezji – abp Stanisław Nowak.
Zaznaczyć należy, że w kaplicy naszego kościoła zostały umieszczone obrazy ze św. Antonim z Padwy i św. Janem z Dukli, które wykonał Mirosław Karpowicz z Krakowa.